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Molto eloquenti sono anche le direttive religiose e morali che l'Hofer dettò durante il suo governo ad Innsbruck. Dopo la sua terza vittoria al monte Isel l'oste della val Passiria s'insediò nella reggia della capitale tirolese e impartì la sua "ordinanza dei costumi". Nel preambolo di questa ordinanza tenne presente ai cittadini quanto Dio aveva fatto per loro. Esortò la popolazione a comportarsi secondo la volontà di Dio, altrimenti Dio avrebbe punito ancora il paese a causa dei suoi peccati. Poi il testo prosegue: "Noi dobbiamo cercare seriamente di meritarci il suo paterno amore con pari amore mediante una vita edificante, casta e pia, e come Egli comanda qual Padre, mediante un vero e sincero amore del Prossimo; ed in conseguenza bandire l'odio, l'invidia, la rapacità ed ogni altro vizio; e prestare ubbidienza ai Superiori e aiutare per quanto possiamo i nostri concittadini angustiati; in generale poi evitare ogni scandalo." (2)
       Nella sua ordinanza l'Hofer menziona anche il seguente dettaglio: "Molti dei miei buoni fratelli d'armi, e difensori della patria si sono scandalizzati che le donne d'ogni condizione coprano il loro petto e i loro bracci troppo poco ovvero con pezze trasparenti, ed in conseguenza danno occasione a stimoli peccaminosi, ciò che non può che sommamente dispiacere a Dio, ed ad chiunque pensa cristianamente. (3) Si spera che al fine di tener lontano il castigo di Dio, esse miglioreranno; in caso contrario dovranno ascrivere a se stesse se in un modo loro sgradevole verranno lordate di ..."
       In una seconda ordinanza Andreas Hofer esprime alcuni divieti: non sono più permessi i balli, tranne in caso di nozze; non si possono consumare bevande e cibi nelle osterie durante le funzioni religiose domenicali, eccetto i forestieri e i carrettieri che arrivassero o che partissero o in caso di estremo bisogno.L'ordinanza non tollera "l'andar vagando di notte tempo, ciocchè disturba così spesso la pubblica tranquillità, ed è tanto pericoloso alla moralità..."
       Un particolare interessante della seconda ordinanza emanata da Andreas Hofer è anche il provvedimento riguardo ai padri di figli illegittimi: "Affinché poi i padri d'illegittimi fanciulli non possano più per l'addietro così facilmente scansarsi dal mantenimento, ed educazione dei medesimi a danno dei fanciulli stessi, e dell'interesse pubblico, ed acciò libertini e seduttori non possano così agevolmente a spese altrui, e persino a spese delle fondazioni destinate al mantenimento dei poveri, degli ammalati ecc. trarre le femmine al male, viene ordinato, che cominciando dal giorno d'oggi, tostoché una donna non maritata diventa madre debba denunziare il padre del fanciullo non solo al parroco, ma ben anche alla rispettiva autorità, la quale farà tantosto chiamare il padre denunziato, lo esaminerà, lo giudicherà, obbligherà il reo a adempiere i doveri di padre, e lo condannerà secondo la gravità della seduzione esercitata sulla femmina."
       Alla fine dell'ordinanza si trova anche un ammonimento di impegnarsi per la fede e la morale: "Finalmente vengono seriamente avvertite tutte le Superiorità ecclesiastiche e civili, che per l'avvenire memori dei loro doveri e dell'autorità loro compartita cooperino unicamente, onde bandire per ogni dove le immoralità, ed i vizi, e promuovere la cristiana religione, e la virtù." Durante il suo governo ad Innsbruck l'oste del Sandhof condusse una vita molto pia. Si alzava alle cinque e andava a messa nel duomo di San Giacomo. Di sera soleva pregare a lungo. Un testimone oculare racconta: "Tutte le sere dopo cena recita il rosario con i suoi ospiti e le guardie e infine dice ancora un centinaio di Padre nostro in onore di diversi santi. Chi capita a quest'ora deve associarsi alla preghiera." Al muro del refettorio fece appendere un crocifisso e un'immagine della Madonna. Non permetteva che si usassero termini ambigui in sua presenza.
       Una volta fu testimone di un litigio fra due coniugi in presenza di due inservienti che si concluse con lo scambio di volgari espressioni fra i quattro. Allora Andreas Hofer intervenne con un linguaggio piuttosto drastico: "Non vi vergognate, voi porci?! Siete dei porci tutti e quattro! C'è proprio motivo per litigare in questo modo? Siete dei bei cristiani! Siete dei mascalzoni! Come fate voi a confessarvi? Avanti, marsch! E se capitate ancora una volta con simili porcherie, vi faccio arrestare tutti e quattro. Via, marsch! toglietevi dai miei occhi, voi stomaci di troia!" Anche in queste parole piuttosto rudi si manifestava la dirittura inflessibile di Andreas Hofer.

(2) Ecco un bel programma di governo! Altro che quelli dei politicanti nostrani, bugiardi e interessati!

(3) E che direbbero della moda dei nostri giorni? Pare che oggi nessuno se ne dispiaccia, anzi...: forse perché nessuno più pensa cristianamente?
I castighi di Dio chi mai più li teme? E quando essi arrivano, non si pensa a Dio, ma alla "scienza", e si chiede aiuto non a Dio, ma agli scienziati, mentre chi dovrebbe essere abituato a una visione cristiana della vita, invece di pregare Dio e di mostrare il castigo ai fratelli, arriva addirittura a rimproverare Dio chiedendogli: "Dov'eri?"

Hofer dovette intervenire anche contro gli abusi di alcune compagnie trentine che lottavano con lui contro i francesi. Queste truppe erano formate in parte da avventurieri che si coprirono di dubbia gloria: i loro comandanti Dal Ponte e Garbini non agirono sempre in sintonia con Hofer e vessarono i comuni e i cittadini tramite requisizioni, saccheggi e l'imposizione di tributi.

       A causa delle lamentele giunte fino a Innsbruck, l'Hofer redasse un proclama alla popolazione trentina che rispecchia molto bene la rettitudine del suo carattere:

  "Ai tirolesi italiani tanto amati!
       Con dispiacere sento che siete stati trattati molto male dalle mie truppe.
       Ora invio a voi, amati, cari e bravi compaesani e fratelli d'armi, una proclamazione, affinché in futuro, tramite la presentazione di essa, i ben intenzionati sappiano salvaguardarsi dai malintenzionati.
       Il mio cuore sincero, che pensa in maniera retta e onesta a tutti voi, detesta bande di briganti e saccheggi, detesta le requisizioni e l'impostazione di tributi, e ogni tipo di offese e pretese nei confronti di coloro che hanno ceduto alle truppe i loro alloggi.
       Nessuna di queste azioni infami trova posto nel mio cuore patriottico.
       Ogni bravo e onesto difensore della patria deve guardarsi bene dall'insudiciare e offendere il suo onore e il suo amore verso il prossimo, il che farebbe cadere su di noi la riprovazione di Dio che ci ha protetto così visibilmente e miracolosamente."

  Queste righe fanno capire che Hofer non ammetteva nessuna trasgressione che fosse contraria al buon senso umano e alla morale cristiana. Forse questo "selvaggio", come lo giudicarono gli Illuminati di allora, aveva una formazione di cuore e una morale maggiore di tanti "lumi". Inoltre questo testo fa anche capire che Hofer considerava "compaesani" e "fratelli" i "tirolesi italiani".

Nell'estate del 1809 Napoleone sconfisse l'esercito austriaco a Wagram. Nel trattato di Schönbrunn il Kaiser dovette firmare un armistizio che imponeva anche la resa e la sottomissione dei tirolesi. Ma siccome l'imperatore poco prima di questo trattato aveva assicurato a Andreas Hofer di voler appoggiare la causa dei tirolesi, questi non volle credere all'armistizio e diede ordine di proseguire con i combattimenti.
       Allora Napoleone mandò nuove truppe (in tutto 50 mila uomini) per espugnare la regione tirolese. Da tutte le parti il Tirolo fu invaso dai nemici bavaresi e francesi che saccheggiarono interi paesi e incendiarono centinaia di masi. Hofer sperava ancora che l'imperatore austriaco gli mandasse delle truppe in aiuto, ma il Kaiser abbandonò i tirolesi al loro destino. A causa di informazioni contraddittorie e dell'influenza negativa di alcuni oltranzisti fanatici nelle proprie file, Hofer divenne sempre più incerto sul da farsi. Il suo stato d'animo era contrassegnato da momenti di ottimismo e slancio e da momenti di pessimismo e disperazione. Cambiava continuamente il suo parere a seconda dell'influenza momentanea e dava ordini contraddittori. Infine i tirolesi furono sconfitti al monte Isel. La disfatta fu totale e Hofer dovette scappare.
       Assieme a sua moglie, suo figlio e allo scrivano Sweth si nascose in una malga sopra San Martino in val Passiria. Sarebbe potuto fuggire anche in Austria, ma voleva stare vicino al suo popolo. A causa dell'inverno le condizioni del soggiorno erano molto dure. Ma più opprimente ancora era lo stato d'animo di Hofer che si sentiva colpevole per la disgrazia dei suoi compaesani. In una lettera indirizzata all'arciduca Giovanni, che era un fratello dell'imperatore e un grande amico dei tirolesi, si avverte tutto il suo tormento interiore.
       Tra l'altro Hofer scrive che sarà maledetto dai suoi compaesani anche dopo la morte. "Ma anche questo lo sopporterei volentieri; temo soltanto il giudizio severo di Dio, al quale dovrò rispondere per i miei sudditi." La lettera porta la firma "il povero peccatore abbandonato Andere Hofer."
       Nella notte fra il 27 e il 28 gennaio 1809 un compaesano di Hofer tradì il supremo comandante tirolese. Per una taglia di 1500 fiorini il contadino Franz Raffl, che poi venne chiamato il "Giuda del Tirolo", condusse i soldati francesi alla Mähderhütte sopra San Martino. Quando i soldati francesi ebbero circondato la capanna per arrestare il comandante tirolese, questi aprì la porta e chiese se qualcuno dei soldati parlasse in tedesco. Allora si avvicinò a lui l'aiutante del generale Baraguey d'Hilliers che sapeva il tedesco. Hofer si rivolse a lui e disse: "Lei è venuto per arrestarmi; eccomi qua. Fate di me quello che volete perché sono colpevole; ma chiedo clemenza per mia moglie, mio figlio e questo giovane uomo (si trattava di Sweth), perché sono veramente innocenti." Hofer "nel momento del pericolo non si era dimenticato di chi gli era caro ed anzi per loro era stato il suo primo pensiero."
       Ma i soldati non dimostrarono nessuna clemenza. Si scaraventarono su di lui e lo maltrattarono. Legarono Hofer, suo figlio e lo scrivano Sweth e li trascinarono verso la valle. Durante la marcia i soldati maltrattarono Hofer con pugni e calci e gli strapparono peli dalla barba per aver un ricordo del "generale Barbou".Nelle memorie di Sweth, che l'avrebbe accompagnato fino alla morte, si trovano le seguenti righe: "Appena un quarto d'ora dalla capanna, noi tre, e cioè Hofer, suo figlio e io, lasciammo delle tracce di sangue sul nostro sentiero, perché al nostro arresto non ci fu permesso di metterci le scarpe o gli stivali e gli altri vestiti. Il nobile Hofer, dal volto del quale scendeva il sangue e la cui barba era ridotta a un ghiacciolo sanguinante, c'ispirava coraggio, guardando devotamente verso il cielo stellato: "Pregate -gridava a noi-, siate perseveranti, soffrite con pazienza e offrite le vostre sofferenze a Dio, così potete anche espiare una parte dei vostri peccati". Così parlava ripetute volte l'eroe cristiano che non era adirato contro i suoi nemici, ma che sopportava con pazienza tutte le sofferenze." I prigionieri furono portati prima a Merano e poi a Bolzano. A Bolzano Hofer dovette accomiatarsi da sua moglie e da suo figlio.

Il trasporto dei prigionieri Hofer e Sweth proseguì verso Mantova dov'era il quartier generale dei francesi. Per una notte i due dovettero, fermarsi ad Ala. Alcuni ufficiali francesi ammirarono il comportamento semplice dignitoso dell'Hofer. Si ricordavano pure che l'Hofer non aveva mai fatto passare per le armi i prigionieri francesi. Essi cercarono di ottenere la grazia per il comandante tirolese. Addirittura il viceré d'Italia, il figlio adottivo di Napoleone, Eugene Beauharnais, s'interessò personalmente per Hofer.
       Ma Napoleone decise diversamente: "Figlio mio, ti avevo chiesto di mandarmi Hofer a Vincennes. Ma poiché egli è a Mantova, vi ordino di formare subito una commissione militare per giudicarlo e farlo fucilare non appena l'ordine sarà giunto. Che tutta la questione sia sistemata entro 24 ore."
       Dopo quest'ordine di Napoleone l'esito del processo ad Andreas Hofer fu chiaro fin dall'inizio.
       Il suo difensore d'Ufficio fu Gioacchino Basevi, un giovane avvocato ebreo che s'impegnò in tutti i modi per ottenere l'assoluzione per il suo mandante.
       Ma il tribunale militare condannò a morte l'Hofer.

Dopo la condanna alla sera del 19 febbraio 1810 Andreas Hofer venne separato dal suo compagno Sweth e condotto in un'altra cella. Si confessò dall'arciprete Don Alessandro Borghi della parrocchia di S. Michele che aveva l'incarico di accompagnare all'esecuzione i condannati. Don Alessandro ebbe però la sensibilità di chiamare un altro sacerdote che sapeva anche il tedesco.
       Benché l'Hofer sapesse discretamente l'italiano, sembrò giusto all'arciprete che il condannato avesse un'assistenza spirituale nella propria madrelingua. Così all'una di notte subentrò Don Giovanni Battista Manifesti che passò tutta la notte con Hofer e che il giorno successivo lo accompagnò all'esecuzione. Verso le cinque del mattino venne un ufficiale francese che comunicava ufficialmente a Hofer la condanna a morte e l'esecuzione. Hofer ebbe ancora il tempo e la forza psichica per scrivere ad alcune persone.
       Scrisse anche una lettera al suo amico Pühler a Egna nella quale dava alcune direttive: "Carissimo signor fratello, è stata la volontà di Dio che io debba qui a Mantova fare il cambio del temporale con l'eterno, ma per merito della grazia divina mi sembra una cosa così facile, come se venissi condotto a un'altra meta (non all'esecuzione). Dio mi concederà anche la grazia fino all'ultimo istante, affinché io possa arrivare fin là dove la mia anima con tutti gli eletti potrà rallegrarsi in eterno, e dove potrò intercedere per tutti presso Dio..."
       L'Hofer chiede che venga celebrata una Messa e che si preghi per lui, ordina il pasto che si deve offrire ai partecipanti al suo funerale. Scrive di aver dato ai poveri tutto il denaro che aveva con sé. Esorta l'amico a regolare bene i conti con i suoi creditori per non dover soffrire nel purgatorio. Infine prega l'amico di consolare sua moglie e si accommiata dall'amico e dalla vita terrena: "Arrivederci in questo mondo finché ci incontreremo nel cielo dove loderemo Dio senza fine. Addio, mio mondo meschino, mi sembra così facile la morte che non mi si bagnano nemmeno gli occhi; scritto alle cinque della mattina, alle nove coll'aiuto di tutti i santi viaggio verso Dio - Mantova, lì 10 februari 1810 - tuo Andere Hofer da Sand in val Passiria che hai amato nella vita - nel nome del Signore voglio intraprendere questo viaggio con Dio."
       Erano quasi le undici del 20 febbraio 1810, quando Andreas Hofer venne condotto all'esecuzione. Sulla strada c'era tanta gente che esprimeva la sua simpatia per il "generale Barbone". Fra la folla c'era anche il suo difensore, l'avvocato Basevi: «Mai ho visto tra il pubblico di un'esecuzione tanta sincera emozione e tanta indignazione. Dalla folla si sono levate grida contro i francesi ed i loro lacchè del cosidetto Regno Italico. Quando il martire è passato davanti alle casematte di Porta Molina molti compagni di Hofer colà tenuti, e fra gli altri Gaetano Sweth, che ha condiviso con lui gli ultimi e più tristi mesi, si sono inginocchiati invocando la sua benedizione, ma egli si è limitato ad un cenno di saluto ed ha indicato il cielo e il sacerdote al suo fianco, quasi per significare che solo questi aveva il potere di benedire. L'Hofer si presentò al plotone d'esecuzione. Fra le sue mani teneva un crocifisso ornato da un mazzetto di fiori. Non volle la benda davanti agli occhi, ma guardò coraggiosamente verso i fucili. Pregò i soldati di mirare bene. L'ufficiale Eiffes non ebbe l'animo per dare il comando dell'esecuzione; allora fu lo stesso Hofer a gridare "Fuoco"».
       I soldati, commossi anche loro, spararono male. Infine l'ufficiale Eiffes dette a Hofer il colpo di grazia. Dopo la morte si celebrarono le esequie nella chiesa di San Michele. La sepoltura avvenne nel piccolo cimitero adiacente alla chiesa.